~Sweet Candy Life~

Klasifikasi Dan Penamaan Mikroorganisme

1. Definisi Virus

Virus adalah parasit berukuran mikroskopik yang menginfeksi sel organisme biologis. Virus hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan mengendalikan sel makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri. Istilah virus biasanya merujuk pada partikel-partikel yang menginfeksi sel-sel eukariota (organisme multisel dan banyak jenis organisme sel tunggal), sementara istilah bakteriofage atau fage digunakan untuk jenis yang menyerang jenis-jenis sel prokariota (bakteri dan organisme lain yang tidak berinti sel). Biasanya virus mengandung sejumlah kecil asam nukleat (DNA atau RNA, tetapi tidak kombinasi keduanya) yang diselubungi semacam bahan pelindung yang terdiri atas protein, lipid, glikoprotein, atau kombinasi ketiganya. Genom virus menyandi baik protein yang digunakan untuk memuat bahan genetik maupun protein yang dibutuhkan dalam daur hidupnya.

Virus sering diperdebatkan statusnya sebagai makhluk hidup karena ia tidak dapat menjalankan fungsi biologisnya secara bebas. Karena karakteristik khasnya ini virus selalu terasosiasi dengan penyakit tertentu, baik pada manusia (misalnya virus influensa dan HIV), hewan (misalnya virus flu burung), atau tanaman (misalnya virus mosaik tembakau/TMV).

2. Klasifikasi dan Penamaan virus

Pada awalnya kriteria menentukan apakah suatu jasad termasuk virus atau bukan hanya didasarkan pada kemampuannya melewati saringan kuman. Dengan lebih diketahuinya penyakit yang ditimbulkan, cara penularan dan ekologisnya, maka penggolongan virus lebih dikembangkan. Tahun 1966 dibentuk The International Committee on Taxonomy of Viruses. Klasifikasi dan penamaan virus meliputi pembagian atas famili, subfamili, genus, dan spesies. Anggota famili mempunyai sifat umum sama dan tidak banyak berubah. Anggota famili tertentu mempunyai morfologi virion, struktur dan replikasi genom khas. Hal ini menunjukan kemungkinan filogenitas yang sama. Pengelompokkan virus atau spesies merupakan hal yang masih diperdebatkan. Ada yang berpendapat bahwa spesies merupakan kumpulan galur dengan sifat tertentu yang berbeda dari kumpulan galur lain sifat yang dipakai sebagi kriteria penentuan spesies dapat berupa sifat fisikokimia, sifat serologik atau sifat biologik lain.

Struktur Taksonomi Virus secara universal adalah sebagai berikut:

Ordo (-virales)

Family (-viridae)

Subfamily (-virinae)

Genus (-virus)

Species (-virus)

Sejak tahun 1995, The International Committee on Taxonomy of Viruses telah mengumpulkan lebih dari 4000 virus binatang dan tumbuhan menjadi 71 famili, 11 subfamili, dan 164 genera, tetapi masih ada ratusan virus yang masih belum ditemukan, 24 famili virus diantaranya dapat menginfeksi manusia dan binatang.

Lwoff, Horne dan Tournier merupakan ahli yang bejasa dalam mengembangkan taksonomi virus. Mereka mengajukan beberapa kriteria sebagai dasar penggolongan virus. kriteria tersebut adalah:

1. jenis asam nukleat, ARN atau AND, berantai ganda atau tunggal
2. ukuran dan morfologi termasuk tipe simetri kapsid
3. adanya enzim spesifik, terutama polimerasae ARN dan ADN yang penting bagi replikasi genom.
4. kepekaan terhadap zat kimia dan keadaan fisik.
5. cara penyebaran alamiah.
6. gejala-gejala yang timbul.
7. ada tidaknya selubung.
8. banyaknya kapsomer untuk virus ikosohedral atau diameter nukleokapsid untuk virus helikoidal.

Table 1. Sifat-Sifat Virus Untuk Penggolongan

3. Klasifikasi Virus berdasarkan jenis asam nukleat (DNA atau RNA)

3.1 Virus RNA

a. Famili : Picornaviridae

Sifat penting :

· RNA : rantai tunggal, polaritas positif, segmen tunggal, replikasi RNA melalui pembentukan RNA komplementer yang bertindak sebagai cetakan sintesis RNA genom.

· Virion : tak berselubung, bentuk ikosahedral, tersusun atas empat jenis protein utama. Diameter virion 28-30 nm.

· Replikasi dan morfogenesis virus terjadi di sitoplasma.

· Spektrum hospes sempit.

Contoh : virus polio

b. Famili : Calicivirdae

Sifat penting :

· RNA : rantai tunggal, polaritas positif, segmen tunggal.

· Virion : tak berselubung, bentuk ikosahedral, tersusun atas tiga jenis protein utama. Diameter virion 35-45 nm.

· Replikasi dan morfogenesis di sitoplasma.

· Spektrum hospes sempit.

Contoh : virus Sapporo

c. Famili : Togaviridae

Sifat penting :

· RNA : rantai tunggal, polaritas positif, segmen tunggal, replikasi RNA melalui pembentukan RNA komplementer, yang bertindak sebagai cetakan RNA genom.

· Virion : berselubung, nukleokapsid ikosahedral, tersusun atas 3-4 jenis protein utama. Protein selubung mempunyai aktivitas hemaglutinasi. Diameter virion 60-70 nm.

· Replikasi di sitoplasma dan morfogenesis melalui proses budding di membran sel.

· Spektrum hospes luas.

Contoh : virus Chikungunya, virus rubella

d. Famili : Flaviviridae

Sifat penting :

· RNA : rantai tunggal, polaritas positif, segmen tunggal, replikasi RNA melalui RNA komplementer yang kemudian bertindak sebagai cetakan bagi sintesis RNA genom.

· Virion : berselubung, simetri nukleokapsid belum jelas, tersusun atas empat jenis protein utama. Protein selubung mempunyai aktivitas hemaglutinasi. Diameter virion 40-50 nm.

· Replikasi di sitoplasma dan morfogenesisnya melalui proses budding di membran sel.

· Spektrum hospes luas.

Contoh : virus demam kuning

e. Famili : Bunyaviridae

Sifat penting :

· RNA : rantai tunggal, polaritas negatif, terdiri dari tiga segmen. Pada proses replikasinya, RNA virion disalin menjadi mRNA dengan bantuan transkriptasa virion. Dengan bantuan produk translasi mRNA selanjutnya disintesis RNA komplementer. Tiap segmen RNA komplementer kemudian menjadi cetakan bagi RNA genom.

· Virion : berselubung, nukleokapsid bentuk helik, tersusun atas empat protein utama. Protein selubung mempunyai aktivitas hemaglutinasi. Diameter virion 90-120 nm.

· Replikasi di sitoplasma dan morfogenesisnya melalui proses budding di membran Golgi.

Contoh : virus ensefalitis California

f. Famili : Arenaviridae

Sifat penting :

· RNA : rantai tunggal, polaritas negatif, terdiri dari dua segmen. Prinsip replikasi RNAnya sama dengan Bunyaviridae.

· Virion : berselubung, nukleokapsid helik, tersusun atas tiga protein utama. Bentuk virion pleomorfik. Diameter virion 50-300 nm (rata-rata 110-130 nm).

· Replikasi di sitoplasma morfogenesisnya melalui proses budding di membran plasma.

· Spektrum hospes luas.

Contoh : virus lymphatic

g. Famili : Coronaviridae

Sifat penting :

· RNA : rantai tunggal, terdiri dari satu segmen. Replikasi RNA genom melalui pembentukan rantai RNA negatif yang kemudian bertindak sebagai cetakan bagi RNA genom. Sintesis RNA negatif disertai sintesis enam jenis mRNA.

· Virion : berselubung, nukleokapsid helik, tersusun atas tiga protein utama. Bentuk pleomorfik. Diameter virion 80-160 nm.

· Replikasi di sitoplasma dan morfogenesisnya melalui proses budding di membran intrasitoplasma.

Contoh : coronavirus manusia 229-E dan OC43

h. Famili : Rhabdoviridae

Sifat penting :

· RNA : rantai tunggal, polaritas negatif, satu segmen. Prinsip replikasi RNAnya sama dengan Bunyaviridae.

· Virion : berselubung, nukleokapsid helik, tersusun atas 4-5 protein. Virion berbentuk seperti peluru dengan selubung beraktivitas hemaglutinasi. Diameter dan panjang virion 70-85 nm dan 130-180 nm.

· Replikasi di sitoplasma dan morfogenesisnya di membran plasma atau intrasitoplasma, tergantung spesies virus.

Contoh : virus stomatitis vesicularis

i. Famili : Filoviridae

Sifat penting :

· RNA : rantai tunggal, polaritas negatif, segmen tunggal.

· Virion : berselubung, nukleokapsid helik, tersusun atas tujuh protein utama. Berbentuk pleomorfik. Diameter virion 80 nm dan panjang mencapai 14.000 nm.

· Replikasi di sitoplasma.

Contoh : virus Ebola

j. Famili : Paramyxoviridae

Sifat penting :

· RNA : rantai tunggal, polaritas negatif. Replikasi RNA dimulai dengan sintesis mRNA dengan bantuan transkriptasa virion. Dengan bantuan produk protein mRNA dibuat RNA cetakan RNA genom.

· Virion : berselubung, nukleokapsid helik, tersusun atas 6-10 protein utama. Berbentuk pleomorfik. Selubung mempunyai aktivitas hemaglutinasi dan menginduksifusi sel. Replikasi di sitoplasma dan morfogenesisnya melalui proses budding di membran plasma. Diameter virion 150-300 nm.

· Spektrum hospes sempit.

Contoh : parainfluenza 1-4, viris parotitis

k. Famili : Orthomyxoviridae

Sifat penting :

· RNA : rantai tunggal, segmen berganda (7 untuk influenza C dan 8 untuk influenza A dan B), polaritas negatif. Replikasi RNA dimulai dengan sintesis mRNA dengan bantuan transkriptasa virion. Dengan bantuan protein produk mRNA, RNa komplementer dibuat dan dijadikan cetakan pembuatan RNA genom. Sifat segmentasi genom virus memudahkan terjadinya virus mutan.

· Virion : berselubung, nukleokapsid helik, tersusun atas 7-9 protein utama. Bentuk pleomorfik. Selubung beraktivitas hemaglutinasi. Diameter virion 90-120 nm. Pada filamentosa panjangnya mencapai beberapa mikrometer.

· Replikasi RNA di inti dan sitoplasma dan morfogenesis melalui proses budding di membran plasma.

Contoh : virus Influenza A,B, dan C

l. Famili : Reoviridae

Sifat penting :

· RNA : rantai ganda, segmen ganda (10 untuk reovirus dan obvirus, 11 untuk rotavirus, 12 untuk Colorado tick fever virus. Setiap mRNA berasal dari satu segmen genom. Sebagian mRNA dipakai untuk sintesis protein dan sebagian lagi dipakai sebagai cetakan untuk pembuatan rantai RNA pasangannya.

· Virion : tak berselubung, kapsidnya dua lapis dan bersimetri ikosahedral. Diameter virion 60-80 nm.

· Replikasi dan morfogenesis di sitoplasma.

Contoh : Reovirus 1-3

m. Famili : Retroviridae

Sifat penting :

· RNA : rantai tunggal, terdiri dari dua molekul polaritas negatif yang identik. Replikasi dimulai dengan pemisahan kedua molekul RNA dan pembuatan rantai DNA dengan cetakan RNA tersebutdengan bantuan reverse transcriptase virion. Setelah molekul RNA-DNA terpisah, dibuat rantai DNA komplementer terhadap pasangan DNA yang sudah ada. DNA serat ganda kemudian mengalami sirkularisasi dan berintegrasi dengan kromosom hospes. Selanjutnya RNA genom dibuat dengan cetakan DNa yang sudah terintegrasi pada kromosom hospes.

· Virion : berselubung, simetri kapsid ikosahedral. Virion tersusun atas 7 jenis protein utama. Diametr virion 80-130 nm. Morfogenesis virus melalui proses budding di membran plasma.

Contoh : HIV 1 dan 2

3.2 Virus DNA

a. Famili : Adenoviridae

Sifat penting :

· DNA : rantai ganda, segmen tunggal. Replikasi DNA dan translasinya menjadi protein komplek.

· Virion : tak berselubung, simetri kapsid ikosahedral. Diameter virion 70-90 nm. Virion tersusun atas paling tidak 10 protein.

· Replikasi dan morfogenesis di inti sel.

· Spektrum hospes sempit.

Contoh : Adenivirus 1-49

b. Famili : Herpesviridae

Sifat penting :

· DNA : rantai ganda, segmen tunggal. Replikasi DNA komplek.

· Virion : berselubung, simetri kapsid ikosahedral. Diameter virion 15-200 nm.

· Replikasi di intisel. Morfogenesis melalui proses budding di membran inti. Di dalam sitoplasma virion dibawa dalam vesikel-vesikelke membran plasma. Di membran plasma, membran vesikel fusi dengan membran plasma.

Contoh : virus herpes simplex 1-2, virus B

c. Famili : Hepadnaviridae

Sifat penting :

· DNA : rantai ganda (bagian terbesar) dan rantai tunggal (bagian kecil, di ujung molekul DNA), segmen tunggal. Pada replikasi genom, bagian rantai tunggalnya harus dibuat rantai ganda. Transkripsi DNA menghasilkan mRNA untuk sintesis protein dan RNA lain sebagai cetakan bagi pembuatan DNA oleh reverse transcriptase.

· Virion : berselubung (HBsAg), diameter 42 nm. Tersusun atas selubung (HBsAg) dan nukleokapsid. Dalam nukleokapsid terdapat core (HBcAg) dan protein penting lain (HBeAg).

· Replikasi di hepatosit terjadi di inti sel sedangkan HBsAg dibuat di sitoplasma.

Contoh : virus hepatitis B

d. Famili : Papovaviridae

Sifat penting :

· DNA : rantai ganda, segmen tunggal sirkuler. Replikasi DNA komplek dan selama replikasi bentuknya tetap sirkuler. Siklus replikasi DNA dapat melibatkan DNA genom yang episomal maupun yang berintegrasi dengan kromosom sel.

· Virion : tak berselubung, diameter 45 nm (polyomavirus) dan 55 nm (papillomavirus), tersusun atas 5-7 jenis protein utama.

· Replikasi dan morfogenesis di inti sel.

· Spektrum hospes sempit.

Contoh : papilloma virus manusia

e. Famili : Parvoviridae

Sifat penting :

· DNA : rantai tunggal, segmen tunggal. Genus Parvovirus lebih banyak mengandung rantai DNA polaritas negatif sedang dua genus lagi DNA polaritas negatif dan positifnya seimbang. Replikasi DNA komplek.

· Virion : tak berselubung, nukleokapsid bersimetri ikosahedral dan berdiameter 18-26 nm, tersusun atas tiga protein utama.

· Replikasi dan morfogenesis di inti sel dan memerlukan bantuan sel hospes.

· Spektrum hospes sempit.

Contoh : parvovirus B-19

f. Famili : Poxviridae

Sifat penting :

· DNA : rantai ganda, segmen tunggal. Replikasi DNA komplek.

· Virion : berselubung, berbentuk seperti batu bata dan merupakan virus dengan dimensi terbesar. Tersusun atas lebih dari seratus jenis protein. Selubung mempunyai aktivitas hemaglutinasi.

· Replikasi dan morfogenesis di sitoplasma yaitu dalam viroplasma (semacam pabrik virus). Hasil morfogenesis dapat berupa virion berselubung maupun tidak.

Contoh : virus cacar sapi

4. Penamaan-Penamaan Virus

a. Klasifikasi Virus HIV/AIDS

Familia : Retroviridae

Genus : Lentivirus

Spesies : HIV 1 dan HIV 2

Nama Asli Virus

· Human T limfotropik virus tipe III (HTLV- III)

· Virus yang berkaitan dengan limfadenopati (LAV)

· Virus yang berkaitan dengan penyakit AIDS (ARV)

Sekarang bernama Human Imunodeficiency Virus (HIV)

b. Kasifikasi Virus Influenza

Ordo : Orthomyxovirales

Familia : Orthomyxoviridae

Subfamilia : Orthomyxovirinae

Genus : Orthomyxovirus

Virus influenza digolongkan dalam kelompok virus RNA (Ribose Nucleic Acid) dan dibagi atas tiga tipe, yaitu A, B, dan C. Virus dengan tipe A dan B bisa menyebabkan epidemik, khususnya saat musim salju di negara dengan empat musim. Sedangkan virus influenza tipe C hanya menyebabkan masalah pernafasan yang ringan, dan diduga bukan penyebab dari epidemik.

Tabel 2. Penamaan-Penamaan Virus